Hidden Treasures in Contemporary RNA Sequencing

Hidden Treasures in Contemporary RNA Sequencing.
Urheber: Mangul, Serghei; Yang, Harry Taegyun; Eskin, Eleazar; Zaitlen, Noah
Verlag: Springer International Publishing.
23,5 x 15,5 cm. 48 Abbildungen, farbig, 1 Abbildungen, schwarz-weiß. Seiten: 93.
ISBN-13: 9783030139728.
Erscheinungsdatum: 14.03.2019

Fortschritte in der RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) haben eine beispiellose Möglichkeit eröffnet, die Genexpressionslandschaft über Individuen, Gewebe und Umgebungen hinweg zu erforschen, indem sie die in den Proben vorhandenen RNA-Sequenzen effizient profilieren. Wenn eine Referenzgenomsequenz oder ein Transkriptom der Probe verfügbar ist, richten mapping-basierte RNA-Seq-Analyseprotokolle die RNA-Seq-Lesungen an den Referenzsequenzen aus, identifizieren neue Transkripte und quantifizieren die Fülle der exprimierten Transkripte Die Lesungen, die nicht auf die menschliche Referenz abgebildet werden, die als unmapped reads bezeichnet werden, sind eine große und oft übersehene Ausgabe von Standard-RNA-Seq-Analysen. Selbst in sorgfältig durchgeführten Experimenten können die nicht abgebildeten Lesungen einen beträchtlichen Teil des gesamten produzierten Lesesatzes ausmachen und können durch technische Sequenzierung entstehen, die durch minderwertige und fehleranfällige Kopien der zu untersuchenden entstehenden RNA-Sequenz erzeugt wird. Leseergebnisse können auch aufgrund unbekannter Transkripte, rekombinierter B- und T-Zell-Rezeptorsequenzen, A-to-G-Fismatches aus der A-to-I-RNA-Editierung, Trans-Spleißen, Genfusion, zirkulärer RNAs und dem Vorhandensein von Nicht-Host-RNA-Sequenzen (z.B. Bakterien-, Pilz- und Virusorganismen) nicht abgebildet werden. Dieses Buch stellt das Read Origin Protocol (ROP) vor, ein Werkzeug, das den Ursprung sowohl gemappter als auch ungemappter Lesungen identifiziert. Das Protokoll identifiziert zunächst menschliche Lesungen mit einem Standard-Hochdurchsatzalgorithmus, um sie auf ein Referenzgenom und Transkriptom abzubilden. Nach der Ausrichtung werden die Leseergebnisse in genomische (z.B. CDS, UTRs, Introns) und repetitive (z.B. SINEs, Lines, LTRs) Kategorien unterteilt. Der Rest des ROP-Protokolls charakterisiert die verbleibenden ungemappten Lesungen, die nicht auf die menschlichen Referenzsequenzen abgebildet werden konnten.

Inhalt:
Biowissenschaften, allgemein
Genetik (nicht-medizinisch)
Molekularbiologie
Informationstechnik (IT), allgemeine Themen
Informationstechnik (IT), allgemeine Themen

Read Mapping; Next-Generation-Sequenzierung; Zirkuläre RNAs; Virom; Genfusionen; Transkriptomik; Mikrobielle Gemeinschaften; Immunrezeptor-Repertoire; RNA-Sequenzierung